1、设计合理的后工序。柔印印刷单元较多，再加上联机多道后加工，对套印提出了更高的要求，因此在柔印制版时，如何同时设计后加工工艺成为一大难点。
2、柔印网点增大呈非线性变化，即这种变化与网点面积不是成正比例的。胶印网点增大是等距离的，而柔印印版上网点越小，在印刷中由于受力面积小，受力后横向变形越大网点增大越严重。这与柔印要拉开色彩与阶调反差的要求正好相反。柔印网点呈如下变化趋势：在网点极小时，要么绝网（晒版造成的）；要么增大至15%甚至更大的网点（印刷造成的）。在暗调部分，网点极易成为实地（晒版和印刷造成的）。
3、柔性版贴版变形与补偿途径。柔性版最明显的特点是具有弹性，一块制做得非常完美的柔性印版，当它被安装到圆柱形滚筒之后，印版沿滚筒额度周向的表面会产生弯曲变形，这种变形会涉及到印版表面的图文，使得印刷出来的图文与原稿尺寸发生偏差。对于质量要求不高的印刷品，可以不予考虑，但对于质量要求较高的印刷品，必须采取措施以补偿这种尺寸的变化，补偿途径目前有下列几种：
1）在原稿设计时，根据印版伸长率，在变向尺寸中减去相应值。
2）拍摄晒版软片时，采用变形镜拍摄，缩短变向尺寸。
3）采用电脑制版，只需在设计完墨稿分色前，给一个单项缩放指令。
4）采用滚筒式的晒版方法，即晒制印版滚筒与印版滚筒尺寸相同。